波多黎各和美国的关税制度存在一定差异。
首先，波多黎各和美国采用同样的海关编码和税率，但是波多黎各自己拥有财政管辖权。其次，波多黎各公民是美国公民，可以自由进出美国，而美国在波多黎各的公民也可享有与当地居民同样的和豁免权。另外，美国国会不控制也不应干预波多黎各内部事务，波多黎各常驻美国众议院专员由直接选举产生，任期4年，有发言权但无选举权。尽管波多黎各不能作为州参加美国总统选举，但居住在美国的波多黎各人可以个人身份参加美国大选。最后，波多黎各与美国之间没有关税，除咖啡外，任何外国商品输入波多黎各同输入美国所付的关税相同。
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