公积金贷款不扣公积金的原因是申请公积金贷款时，需要用公积金账户内的余额计算公积金贷款额度即存贷挂钩。后续，公积金贷款申请成功后，或者用户成功申请了商业贷款，用户办理了公积金冲还贷业务，公积金账户内的余额就可以用于归还房贷。
用户在申请公积金贷款期间，银行或者住房公积金中心不会扣除公积金账户内的余额，同时也建议用户在这期间不要提取公积金。等公积金贷款审核通过以后，用户再提取公积金，这时候公积金账户的余额就不会影响公积金贷款额度。
需要注意的是，公积金冲还贷业务分为年冲和月冲，如果是年冲，那就是一次性冲抵贷款本金，月冲则是每月按时从公积金账户里扣取相应金额冲抵当月应还本息。如果用户公积金账户里的余额不足，那么是没办法进行对冲还贷的。
公积金贷款为什么不扣公积金：
因为公积金贷款和公积金冲还贷业务是两码事，客户使用住房公积金办理了公积金贷款之后，还需要去申请开通公积金冲还贷业务，之后给房贷还款时银行系统才会从客户的公积金账户余额里扣款。不然的话，若没有申请公积金冲还贷业务，银行系统自然就只会从客户绑定的还款银行卡里进行扣款。
综上所述，公积金贷款还款不扣公积金可能是相关用户没有办理冲还贷业务，用户只有申请开通公积金冲还贷业务，银行系统才会从客户的公积金账户余额里扣款。
【法律依据】：
《住房公积金管理条例》第二十条
单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。
对缴存住房公积金确有困难的单位，经本单位职工代表大会或者工会讨论通过，并经住房公积金管理中心审核，报住房公积金管理委员会批准后，可以降低缴存比例或者缓缴；待单位经济效益好转后，再提高缴存比例或者补缴缓缴。
