工厂扣押身份证属于违法行为。公司没有权利扣押员工的身份证原件。国家机关或者有关单位的工作人员在履行职责或者提供服务过程中，应当当场核查居民身份证的人、证一致性，不得擅自记录居民身份证记载的公民个人信息，不得擅自复印、扫描居民身份证，不得扣留或者抵押公民的居民身份证。
非法扣押他人身份证的处罚方式如下：
由查获的机关对行为人处以警告，并处二百元以下罚款。如果行为人因非法扣押他人身份证等行为而产生违法所得的，还应当没收违法所得。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条
用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。
用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
劳动者依法解除或者终止劳动合同，用人单位扣押劳动者档案或者其他物品的，依照前款规定处罚。
