不合法。员工辞职是劳动者的权利，但扣半个月工资构成违法，应当结清工资。如果用人单位仍然扣发，可以向当地劳动监察部门投诉处理。
根据法律规定，有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
1、用人单位代扣代缴的个人所得税；
2、用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
3、判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
4、法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
5、因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
【本文所涉及的法律依据】：：
《工资支付暂行规定》
第十五条有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（1）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（2）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（3）判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
（4）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
