可以通过以下方式处理商铺纠纷：
1、协商。
双方依靠自身力量，相互妥协和让步，解决纠纷。该方法快捷简便、心平气和，但应以书面方式记载协商内容。
2、调解。
由第三方介入促使争议各方相互谅解和让步，最终化解矛盾。当争议各方失去对话基础，寻求第三方调解实为高明选择。
3、仲裁。
将纠纷提交仲裁机构，由其居中裁决的纠纷解决机制。仲裁一裁终局制，一方不履行仲裁裁决，对方可以申请强制执行。
4、诉讼。
一方向提出请求，由裁决纠纷的制度。诉讼是最终、最权威的纠纷解决机制，是当事人保护权利的最后屏障。
一、商铺拆迁的补偿项目有哪些？
(一)被征收房屋价值的补偿；
(二)因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
(三)因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
二、拆迁商铺的基本流程有哪些？
1、申领《房屋拆迁许可证》；
2、拆迁管理部门进行审核；
3、审核通过发放《房屋拆迁许可证》；
4、发布《拆迁通告》；
5、选择确定评估机构；
6、入户调查；
7、评估结果公示；
8、出具并送达评估报告；
9、签订房屋拆迁补偿安置协议；
10、发放、领取补偿款；
11、拆除房屋。
三、商铺拆迁补偿协议的基本内容有哪些？
(一)拆迁补偿方式，货币补偿金额及其支付期限；
(二)安置用房面积、标准和地点；
(三)产权调换房屋的差价支付方式和期限；
(四)搬迁期限、搬迁过渡方式和过渡期限；
(五)搬迁补助费和临时安置补助费或停产停业损失费发放标准和支付方式；
(六)违约责任和争议解决的方式；
(七)当事人约定的其他条款。
