法律分析：劳动合同签订后没有放入档案，这不是强制要求的，一般签合同后，就给你一份劳动合同，不放入档案的，但是转正定级相关资料，会放入档案。保密合同与劳动合同分属不同类别，内容亦不相同，不能以保密合同来代替劳动合同，不过，若是保密合同里有写到劳动合同期限的，则有可能对你不利。公司你档案调动的，可以申请劳动仲裁解决。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》
第三条 订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
第十条 建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
第三十六条 用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。
