法律分析：事故双方当事人在认定责任的基础上，通过协商的方式来处理赔偿问题，属于一种合法有效的纠纷解决方式。在双方协商赔偿后，保险公司应该根据事故责任及保险合同的约定进行赔偿。保险公司在赔偿时，在按照交警认定的责任的基础上，还需要审查当事人协议赔偿的内容、金额是否合理、是否有合法有效的票据等。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第一千二百一十三条机动车发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足部分，由承保机动车商业保险的保险人按照保险合同的约定予以赔偿；仍然不足或者没有投保机动车商业保险的，由侵权人赔偿。
