不会。只要拿着你们双方的身份证户口本结婚证原件和孩子的出生证明直接就可以去派出所户籍室给孩子办理上户口，是不会询问母亲。
户口本来就是要有出生证才能登记，出生证上明白写着生父生母姓名。系统或出生医院就能查到。如果在医院生育，要凭身份证才能办理住院手续，医院依法要登记孩子父母信息，没有准生证，需要报告计生局的。
现在小孩子户口可以任意选择父亲或母亲的所在地上户口，即使一方在农村另一方在城市。小孩户口跟户主走，如果孩子和母亲也在一个户薄，则可以查到。
上户口所需材料：
1、新生婴儿含计划外生育、非婚生育的婴儿出生后一个月以内，应由父、母或其他监护人凭入户申请书；
2、出生证明；
3、婴儿父或母的居民户口薄和居民身份证，原件及复印件；
4、父母双方的结婚证；
5、户口登记机关应裁切出生医学证明，副页作为出生登记的原始凭证。
【本文所涉及的法律依据】：：
《中华人民共和国户口登记条例》
第五条
户口登记以户为单位。同主管人共同居住一处的立为一户，以主管人为户主。单身居住的自立一户，以本人为户主。居住在机关、团体、学校、企业、事业等单位内部和公共宿舍的户口共立一户或者分别立户。户主负责按照本条例的规定申报户口登记。
