法律主观：
犯罪嫌疑人在认罪认罚后仍会被起诉，只要是其犯罪情节严重，需要依法追究其刑事责任的，会依法提起公诉，但是犯罪嫌疑人存在法定的不起诉事由除外。比如：犯罪嫌疑人犯罪情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的。
法律客观：
《刑事诉讼法》
第十六条
有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
第一百七十五条第四款
对于二次补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。《刑事诉讼法》
第一百七十七条
犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民应当作出不起诉决定。
对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民可以作出不起诉决定。
