办以下手续要证明父子关系：
1、无出生证的；
2、因孩子被拐卖、遗失，后又通过各种途径找回，户口需要和亲生父母上到一起的；
3、未婚生育，有法定证件无法证明孩子的亲生父母关系；
4、弃儿回家上户；
5、领养的孩子上户，需要证明孩子与养父母并非亲生关系。
申请开具父子关系证明需要材料如下：
1、当事人的身份证及复印件；
2、当事人人事档案管理部门出具的盖有人事、劳资、组织专用章的证明材料；
3、当事人的亲属在境外，则需提供境外亲属的来信；
4、若不是当事人亲办，受托人还要提供当事人的委托书及受托人的身份证及复印件。
父子关系证明方法如下：
1、用户口簿证明存在父子关系。与父亲在同一户口簿上，且户主是父亲的情况下，可以直接去公证机关开具，因为不再开具此关系证明；
2、如果不能用户口簿证明存在父子关系的，当事人可以前往派出所，请求派出所在核实后根据相关规定出具相应的亲属关系证明。具体情况，请自行根据实际情况及相关法律规定进行核实确定；
3、可以去出生地所属的疾病控制中心开具证明，如果生于疾控中心成立日前的，只能去出生的医院开母子的证明，再通过父母的结婚证来证明父子关系。
综上所述，当事人与父亲未曾在同一户口簿上，且户主不是当事人父亲的情况，可到当事人人事档案托管的地方调取人事档案，查询里面关于父子关系相关的内容，复印并让托管单位盖章。
【法律依据】：
《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
《中华人民共和国户口登记条例》第五条
户口登记以户为单位。同主管人共同居住一处的立为一户，以主管人为户主。单身居住的自立一户，以本人为户主。居住在机关、团体、学校、企业、事业等单位内部和公共宿舍的户口共立一户或者分别立户。户主负责按照本条例的规定申报户口登记。
