一、内部承包协议是否合法
1、只要意思表示真实且不违反法律规定的内部承包协议就合法有效。内部承包合同，尽管在相关法规中没有明确法律依据，但是根据民法的一般原理以及相关法律规定，如果当事人的民事行为没有违反法律、行规的强制性禁止规定，当事人的契约行为应该合法有效。
2、法律依据：《中华人民共和国民法典》第四百六十五条
依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。
二、内部承包合同纠纷如何处理
当事人如果不愿意和解、调解，或者和解、调解不成功的，可以根据达成的仲裁协议，将合同争议提交仲裁机构仲裁。也可以向提起诉讼。相关法律规定，合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的；受不利影响的当事人可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民或者仲裁机构变更或者解除合同。人民或者仲裁机构应当结合案件的实际情况，根据公平原则变更或者解除合同。
