注册商标专用权质权登记程序是：
1、出质人与质权人应当订立书面质权合同；
2、出质人与质权人携质权合同，共同向商标局申请登记；
3、商标局经申请，确认符合条件的，予以登记，并公告。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第四百零三条
以动产抵押的，抵押权自抵押合同生效时设立；未经登记，不得对抗善意第三人。
第四百四十条
债务人或者第三人有权处分的下列权利可以出质：
（一）汇票、本票、支票；
（二）债券、存款单；
（三）仓单、提单；
（四）可以转让的基金份额、股权；
（五）可以转让的注册商标专用权、专利权、著作权等知识产权中的财产权。
第四百四十四条
以注册商标专用权、专利权、著作权等知识产权中的财产权出质的，质权自办理出质登记时设立。
知识产权中的财产权出质后，出质人不得转让或者许可他人使用，但是出质人与质权人协商同意的除外。出质人转让或者许可他人使用出质的知识产权中的财产权所得的价款，应当向质权人提前清偿债务或者提存。
