1、合同签订的主体不同：
合同工是员工和劳务派遣公司签订合同，并派遣到各项目上，合同一般存在3年左右的期限。实际上很多时候都是国企单位直接招聘人员，正式工作后签订劳务派遣合同，管理及调遣由工作单位人力资源部负责，与派遣公司不产生直接联系。
正式工是员工与工作单位签订劳务合同，合同期限较长。需要注意的是，本科毕业生需进过一年见习期方可成为正式工，但见习期间待遇与正式工无差别。
2、工资、福利待遇等：
工资：大致采用此方式计算：基本工资 绩效 奖金 各类补贴-五险一金。采用“定岗定薪”方式，基本工资及奖金根据所属岗位制定。
合同工较合同工不会缴纳住房公积金，其他无明显差别。表现良好的的合同工，在完成项目部评定及公司评定后，可转换为正式员工。
3、工作权限不同：
合同工在日常执法行动中，只能是协助执法，而正式工具有执法权，可以指挥合同工协助执法。
4、招聘方式不同：
合同工是通过人事部门，或者用人事部门自行发布招聘信息，通过面试流程后，与用人部门签订劳动合同，建立的是劳动关系;正式工则是通过公、事业单位考试和军官转业安置等方式获取编制而上岗工作。
正式工最低工资包括加班费吗?
不可以。最低工资标准，是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。加班费是延长工作时间报酬，不可以计入最低工资。
根据劳动和社会保障部发行的《最低工资规定》规定，在该规定中的第十二条规定：在劳动者提供正常劳动的情况下，用人单位应支付劳动者的工资，剔除下列各项以后，不得低于最低工资标准：
(一)延长工作时间工资;
(二)中班、夜班、高温、低温、井下、有毒有害等特殊工作环境条件下的津贴;
(三)法律、法规和国家规定的劳动者福利待遇等。
由此可见，员工的最低工资不包括员工的加班费，员工的最低工资标准应该除去延长工作时间的工资，在特殊工作环境(高温，井下，有毒有害，夜班)下的工作的津贴，公司给予员工的福利待遇等。
法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》
第六十九条非全日制用工双方当事人可以订立口头协议。从事非全日制用工的劳动者可以与一个或者一个以上用人单位订立劳动合同；但是，后订立的劳动合同不得影响先订立的劳动合同的履行。
