(一)无产权证房屋不太容易办理物权变动手续，存在交易风险。无产权证房屋权利人难以如约实行买卖、抵押、出租、入股等权利，难以实现物尽其用。导致买受人的合法权益不一定能够得到有效的保障。(二)房屋拆迁时，无产权证房屋权利人无法获得如同有房产证权力房屋的价值相当的补偿。(三)如果无产权证房屋被认定为是违章建筑还将面临行政处罚和强行拆除。当然，无产权证房屋在现行法律框架内应当得到相应保护。即使无证房屋属于违章建筑，除法定机关外，任何人不得侵占、毁损或拆除，否则无产权证房屋权利人可以申请返还财产、排除妨碍和赔偿损失。(四)无产权证房屋权利人行使房屋权利与相邻人发生纠纷时，应当适用相邻关系的规定，接受和扩张权利。(五)当无产权证房屋买卖双方出现纠纷，需要通过法律途径解决时，很有可能因为房屋产权问题而影响买卖合同的效力，从而导致纠纷陷入困境，难以维权。
【法律依据】
《房屋登记办法》
第八十六条房屋所有权依法发生转移，申请房屋所有权转移登记的，应当提交下列材料：
(一)登记申请书;
(二)申请人的身份证明;
(三)房屋所有权证书;
(四)宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明;
(五)证明房屋所有权发生转移的材料;
(六)其他必要材料。申请村民住房所有权转移登记的，还应当提交农村集体经济组织同意转移的证明材料。农村集体经济组织申请房屋所有权转移登记的，还应当提交经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意的证明材料。
